Появление новых генетических линий SARS-CoV-2, несущих мутации в составе вариабельных участков генома вируса, прежде всего, расположенных в гене S-белка и особенно его рецепторного домена, может изменять биологические свойства вируса и клинические проявления инфекции, а также снижать эффективность лечебных и профилактических лекарственных препаратов, включая вакцины, разработанных и протестированных в отношении более ранних вариантов вируса SARS-CoV-2, сообщили в пресс-службе ФМБА России.
Специалистами Центра стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью с использованием секвенирования следующего поколения были полностью расшифрованы генетические последовательности 4452 изолятов вируса и в них обнаружено более 16 тысяч мутаций. Большинство мутаций носили нейтральный характер и не влияли на основные характеристики вируса SARS-CoV-2 и вызванного им инфекционного процесса, — заявила руководитель ФМБА России Вероника Скворцова.
До января 2021 года среди всех «российских» линий вируса SARS-CoV-2 преобладала линия В1, завезённая в страну весной 2020 года. В начале 2021 года на территории России были обнаружены новые линии вируса SARS-CoV-2, характеризующиеся повышенной способностью передаваться от человека к человеку и некоторыми изменениями клинической картины инфекционного процесса. Были описаны эффекты «ускользания» этих новых вариантов вируса от действия антител, вырабатываемых у пациентов, переболевших коронавирусной инфекцией в 2020 году, или привитых ранее созданными анти-ковидными вакцинами.
Эти обстоятельства потребовали разработки методов быстрого распознавания новых линий вируса SARS-CoV-2. Тем самым, в начале 2021 года ФГБУ ЦСП ФМБА России разработал тест-систему для быстрого выявления основных эпидемически важных генетических линий вируса SARS-CoV-2, таких, как «британская», «южноафриканская», «бразильская» и некоторых других, распространившихся в мире в конце 2020 года и изменивших основные биологические характеристики вируса.
Тест-система была зарегистрирована установленным порядком и начала широко использоваться на территории России для тестирования клинического материала от пациентов с целью определения наиболее значимых генетических линий вируса, динамики их встречаемости, географического распределения по территории страны, — отметил гендиректор ФГБУ ЦСП ФМБА России Сергей Юдин.
«Важно отметить, что за последние 3,5 месяца (с марта 2021 года по настоящее время) ситуация с распространением генетических линий вируса SARS-CoV-2 в стране сильно изменилась: наряду с сохранением значимости распространенной с 2020 года «европейской» линии В.1.1. (в среднем, за 3,5 месяца доля составила 44%), за этот период времени расширилась представленность «новых» линий вируса SARS-CoV-2, составив в среднем для B.1.1.7 («британская») – 21%, B.1.317 – 14%, B.1.1.336 и B.1.1.141 (около 3% каждая), B.1.617.2 («индийская») – 2%, B.1.351 («южноафриканская») – 2%»,- уточнил Сергей Юдин. Частота распространенности линий вируса SARS-CoV-2 в стране за последние 3,5 месяца представлена на рисунках 1 (в среднем за период) и 2 (в динамике по месяцам).
Кроме того Вероника Скворцова отметила, что особого внимания заслуживает «индийская» линия вируса SARS-CoV-2 (B.1.617.2; дельта- вариант), первый случай инфицирования которой на территории России был выявлен специалистами ФГБУ ЦСП ФМБА России в апреле 2021 года. Однако уже к середине мая в Москве было зарегистрировано значительное возрастание частоты ее представленности – до 9,9 % от всех выявленных вариантов вируса SARS-CoV-2, а в последнюю неделю мая 2021 года доля дельта-варианта составила уже 25%. В июне текущего года представленность «индийской» линии в Москве продолжала расширяться: с 35% на первой неделе июня до 87% на 16 июня, т.е. «индийская» линия стала доминирующей (рис. 3).
Сотрудниками ФМБА России проведен анализ геномов индийской линии вируса SARS-COV-2 (линия B.1.617.2), выделенных на территории России. В результате работы было обнаружено более 30 нуклеотидных замен, отличающих указанную «индийскую» линию от вируса, впервые выявленного в китайском городе Ухань. Большинство из обнаруженных мутаций встречаются и в зарубежных образцах «индийской» линии вируса, причём со схожими частотами. Тем не менее, были детектированы две эндемичные нуклеотидные замены, частоты встречаемости которых в российских образцах «индийской» линии близки к 100%, в то время как в среднем в мире они не превышают 5%. Обнаруженные «преимущественно российские» мутации в «индийской» линии находятся в генах, кодирующих белки вируса ORF7a и NSP2, выполняющие важные функции в биологии развития вируса. Их влияние на патогенность и трансмиссивность SARS-CoV-2 изучается специалистами ФМБА России, — заявила Вероника Скворцова.
Кроме «индийской» линии отмечается расширение частоты встречаемости в Москве нового геноварианта вируса SARS-CoV-2 АТ-1, который был впервые обнаружен в России (Санкт- Петербурге) в апреле 2021 года. На 16 июня было выявлено 5% таких последовательностей среди общего их числа.
В настоящее время в ФГБУ ЦСП ФМБА России разработаны новая методика и набор реагентов для выявления четырех наиболее эпидемически значимых линий вируса SARS-CoV-2: альфа- («британской», B.1.1.7), бета- («южноафриканской», B.1.351), гамма- («бразильской», P.1) и дельта- («индийской», B.1.617.2) вариантов. Набор также позволит выявлять генетические линии SARS-CoV-2, такие как каппа- («индийская», B.1.617.1) и тета- (P.3) варианты. В настоящее время проводится работа по валидации разработанной тест-системы и готовятся документы для регистрации ее в Росздравнадзоре. Ожидаемое время регистрации – начало июля 2021 года,- уточнил заместитель генерального директора по научно-производственной деятельности ФГБУ ЦСП ФМБА России Герман Шипулин.
По мнению экспертов, возможны либо постоянное обновление штаммного состава препаратов, что, безусловно, не позволит избежать запаздывания за эволюцией вируса (с учетом отсутствия четкой сезонности в развитии инфекционного процесса при COVID-19 и длительности наработки и производства вакцин), либо разработка максимально универсальных средств профилактики и терапии COVID-19, использующих в качестве мишеней высококонсервативные (мало изменчивые) участки генома вируса SARS-CoV-2. Федеральное медико-биологическое агентство выбрало второй путь.
